Manualmente habria que quitar un monton de archivos que se quedan guardados por todo el sistema pero hay un programa el "Advanced SystemCare 5" que tiene una aplicacion de desinstalar los programas y todo lo que puedan dejar.
Y para guardar los marcadores de firefox, tienes que tener en la esquina superior derecha "Marcadores" pinchas le das a "Mostrar todos los marcadores" y despues en la nueva pestaña "Catalogo" le das a Importar y Respaldar - Importar Marcadores
Desinstala por completo firefox tete, pero antes asegúrate de guardar los marcadores, contraseñas, etc. Recuerda instalar la extensión Password Exporter antes y después de desinstalar/instalar firefox. Mírate en el enlace de aquí abajo para que hagas una instalación en limpio.